Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan koordinasi penyusunan program, pengelolaan urusan keuangan, kepegawaian, rumah tangga kantor, perlengkapan, pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Badan dan pengelolaan barang milik daerah serta evaluasi dan pelaporan. 

Sekretariat dipimpin oleh sekretaris yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Badan. 

Sekretariat membawahkan sub bagian yang dipimpin oleh kepala sub bagian dan bertanggung jawab langsung kepada sekretaris. 

Untuk melaksanakan tugasnya, Sekretariat menyelenggarakan fungsi:
a. penyusunan dan pelaksanaan rencana program dan kegiatan kesekretariatan;
b. penyusunan vahan rancangan peraturan perundang-undangan dan fasilitasi advokasi hukum;
c. pelaksanaan urusan organisasi dan tata laksana;
d. pengoordinasian penyusunan dokumen Sistem Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah;
e. pengoordinasian penyusunan dan pelaksanaan Rencana Kerja Anggaran dan Dokumen Pelaksanaan Anggaran;
f. pelaksanaan dan pembinaan ketatausahaan, ketatalaksanaan dan kearsipan;
g. pengelolaan urusan kehumasan, keprotokolan, kepustakaan, dan layanan informasi dan pengaduan;
h. pelaksanaan administrasi dan pembinaan kepegawaian;
i. pengelolaan anggaran dan penerimaan/ retribusi;
j. pelaksanaan administrasi keuangan dan pembayaran gaji pegawai;
k. pelaksanaan verifikasi Surat Pertanggungjawaban keuangan;
l. pengelolaan urusan rumah tangga dan perlengkapan; 
m. fasilitasi penyusunan dan pelaksanaan Standar Operasional Prosedur (SOP), Standar Pelayanan Minimal (SPM), Standar Pelayanan Publik (SPP), Maklumat
Pelayanan dan Survey Kepuasan Masyarakat (SKM); 
n. pelaksanaan Survei Kepuasan Masyarakat/ pelanggan;
o. pengelolaanpengaduanmasyarakatsesuai tugas fungsi;
p. pengelolaaninformasi dan dokumentasi dan pelaksanaan fungsi Pejabat Pengelolaan Informasi dan Dokumentasi Pembantu;
q. pengoordinasian pengelolaan data, pengembangan sistem teknologi informasi/aplikasi untuk aplikasi yang digunakan lintas bidang pada Badan;
r. pengevaluasian dan pelaporan pelaksanaan tugas dan fungsi;
s. pelaksanaan sistem pengendalian intern pemerintahan; dan
t. pelaksanaan tugas lainnya yang diberikan oleh atasan/ pimpinan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.